təyin asanlıqla EHEC

New Diagnostic Technology: Xəstə material birbaşa ilk dəfə yenidən EHEC patogen Genome

University Hospital Hamburg-Eppendorf (UKE) Tibb mikrobioloq biotexnologiya şirkəti Illumina, yoluxmuş xəstələrin stool nümunələri birbaşa 2011 of EHEC epidemiya patogen tam genomu ardıcıllıqla Britaniya alimləri və əməkdaşları ilə yanaşı, yenidən var. Bu adlı metagenomics diaqnostik texnika yoluxucu xəstəliklərin diaqnozu bir paradiqma shift təmsil edə bilər, alimlər Prof. Dr. Martin Aepfelbacher ilə bağlamaq. Bu müəyyən edilməsi və laboratoriya adətən tələb becərilməsi olmadan infeksion agentlərin geniş xarakteristikası verir.

təhsil nəticələri Çərşənbə 10 dərc. nüfuzlu tibb jurnalı JAMA¹ xüsusi məsələ aprel.

2011-ci ilin yayın əvvəlində Escherichia coli cinsinin STEC O104:H4 adlı bakteriyasının törətdiyi EHEC epidemiyası hətta müasir, yüksək sənayeləşmiş cəmiyyətdə də infeksiya epidemiyasının vura biləcəyi böyük zərəri göstərdi. O dövrdə 3000-dən çox insan yoluxmuşdu, onlardan 50-dən çoxu öldü və yəqin ki, yüzlərlə insan bu gün də sonrakı təsirlərdən əziyyət çəkir. Tibbi Mikrobiologiya, Virusologiya İnstitutunun direktoru, professor Aepfelbaher izah edir: "Belə bir epidemiya zamanı fərdi xəstəlik hallarının idarə edilməsi və patogenin daha da yayılması, epidemiya ştammının nə qədər tez müəyyən ediləcəyindən və xarakterizə oluna biləcəyindən çox asılıdır" dedi. və Gigiyena.

Əvvəllər bakterial patogenlər laboratoriya şəraitində becərilməli və hərtərəfli təhlil edilməzdən əvvəl təmiz formada təqdim edilməli idi. “Bəzi patogen növlərə gəldikdə, hətta bu becərmə uzun və ya qeyri-mümkündür; digər hallarda, incə yazma üçün standart testlərin olmaması alovlanma ştammlarını müəyyən etməyi çətinləşdirir "deyə mikrobioloq Dr. Martin Kristian.

Hazırkı tədqiqatda ilk dəfə olaraq bir bakterial patogen ilə epidemiyanı araşdırmaq üçün metagenomik üsullardan istifadə edilmişdir. Ən müasir ardıcıllıq üsullarından və xüsusi hazırlanmış bioinformatika üsullarından istifadə edilmişdir. Retrospektiv təhlil üçün EHEC epidemiyasında iştirak edən xəstələrdən 45 nəcis nümunəsi işlənmiş və ardıcıllıqla tərtib edilmişdir. Əldə edilən DNT ardıcıllıqları oxşarlıqlar üçün araşdırıldı və sağlam könüllülərdən alınan nəcis nümunələri ilə müqayisə edildi. Professor Aepfelbacher: “Beləliklə, kompleks nəcis metagenomlarında epidemiya ştammını göstərən xüsusi DNT bölmələri müəyyən edilə bilər. Nümunələrin əksəriyyətində STEC O104:H4-ün bütün genetik materialının çoxsaylı nüsxələri aşkar edilmişdir.” DNT analizinin köməyi ilə STEC-in olmadığı bəzi xəstə nümunələrində Clostridium difficile və Campylobacter jejuni kimi digər ishal patogenləri də aşkar edilmişdir. O104:H4 tapıldı və ya Salmonella enterica aşkar edilə bilər.

Prof. Aepfelbacher izah edir: "Bu tədqiqat uğurları, bakterial patogenləri müəyyən etmək və xarakterizə etmək üçün açıq, mədəniyyətdən asılı olmayan bir üsul kimi metagenomikanın əhəmiyyətli potensialını nümayiş etdirir". Onun həmkarı Dr. Martin Christner əmindir ki, “hazırda müşahidə oluna bilən ardıcıllıq texnologiyalarının sürətli inkişafı, çox güman ki, təsvir edilən metodların sürətini və həssaslığını artırmayacaq, həm də məsrəfləri o dərəcədə azaldacaq ki, onlardan gündəlik istifadə oluna bilsin. klinik praktika".

Ədəbiyyat:

104Loman və başqaları, Şiqa-Toksigenik Escherichia coli O4:H2013, JAMA epidemiyasının tədqiqinə Mədəniyyətdən Müstəqil Ardıcıllığa əsaslanan Metagenomik yanaşma. 309; 14(1502):1510-XNUMX; Mediada əvvəlcədən embarqodan əldə edilə bilər http://media.jamanetwork.com)

Mənbə: Hamburq [UKE ]