EHEC lengvai priskiriamos
Nauja diagnostikos technologija: genomo enterohemoraginės E.coli patogeno rekonstruotame pirmą kartą tiesiogiai iš pacientų medžiagos
Medicinos mikrobiologijos universiteto ligoninės Hamburg-Eppendorf (UKE) jau rekonstruota kartu su britų mokslininkų ir darbuotojų biotechnologijų bendrovė ILLUMINA, pilnas genomo seka iš enterohemoraginės E.coli sukeltos epidemijos 2011 tiesiogiai patogeno nuo išmatų mėginiuose infekuotiems pacientams. Tai vadinama metagenomikos diagnostikos metodas gali atstovauti paradigmai infekcinių ligų diagnozė, mokslininkai daro išvadą Prof. Dr. Martin Aepfelbacher. Tai leidžia nustatyti ir didelę charakterizuoti infekcinių ligų sukėlėjus be paprastai reikalaujama auginimo laboratoriją.Tyrimo rezultatai paskelbti trečiadienį, 10. Balandžio specialiame numeryje, prestižiniame medicinos žurnale JAMA¹.
2011 m. vasaros pradžioje EHEC protrūkis, kurį sukėlė Escherichia coli genties bakterija, vadinama STEC O104:H4, parodė didžiulę žalą, kurią infekcinė epidemija gali padaryti net šiuolaikinėje, labai pramoninėje visuomenėje. Tuo metu buvo užsikrėtę daugiau nei 3000 žmonių, daugiau nei 50 iš jų mirė ir tikriausiai šimtai šiandien kenčia nuo pasekmių. „Tokios epidemijos metu atskirų ligos atvejų gydymas ir tolesnis patogeno plitimas labai priklauso nuo to, kaip greitai galima nustatyti ir apibūdinti protrūkio padermę“, – aiškina Medicininės mikrobiologijos ir virusologijos instituto direktorius prof. Aepfelbacheris. ir higiena.
Anksčiau bakteriniai patogenai turėjo būti auginami laboratorijoje ir pateikiami gryna forma prieš atliekant išsamią analizę. „Kai kurių rūšių patogenams šis auginimo procesas yra ilgas arba net neįmanomas; Kitais atvejais protrūkio padermių identifikavimą apsunkina standartinių tikslaus tipavimo testų trūkumas“, – aiškina mikrobiologė dr. Martinas Kristneris.
Šiame tyrime pirmą kartą buvo naudojami vadinamieji metagenominiai metodai, siekiant ištirti protrūkį, susijusį su bakteriniu patogenu. Naudota moderniausia sekvenavimo technika ir specialiai sukurti bioinformatikos metodai. Retrospektyviai analizei buvo apdoroti ir suskirstyti 45 išmatų mėginiai iš pacientų, sergančių EHEC protrūkiu. Gautos DNR sekos buvo ištirtos dėl panašumų ir palygintos su sveikų savanorių išmatų mėginių sekomis. Prof. Aepfelbacheris: „Tokiu būdu sudėtingose išmatų metagenomose galima nustatyti specifines DNR dalis, kurios rodo protrūkio padermę. Daugumoje mėginių buvo aptiktos kelios visos STEC O104:H4 genetinės medžiagos kopijos." DNR analizės pagalba kai kuriuose pacientų mėginiuose, kuriuose nėra STEC O104, taip pat buvo nustatyti kiti viduriavimo patogenai, tokie kaip Clostridium difficile ir Campylobacter jejuni: rasta H4 arba galima aptikti Salmonella enterica.
„Šie tyrimų sėkmė parodo didelį metagenomikos, kaip atviro, nuo kultūros nepriklausomo metodo, leidžiančio nustatyti ir apibūdinti bakterinius infekcinius patogenus, potencialą“, – aiškina prof. Aepfelbacheris. Jo kolega dr. Martinas Christneris įsitikinęs, kad „šiuo metu stebimas spartus sekvenavimo technologijų vystymasis greičiausiai ne tik padidins aprašytų metodų greitį ir jautrumą, bet ir sumažins sąnaudas tiek, kad bus galima juos panaudoti įprastinėse klinikinėse operacijose. “
Literatūra:
¹Loman ir kt., Nuo kultūros nepriklausoma seka pagrįsta metagenomikos metodas Shiga-toksinės kilmės Escherichia coli O104:H4 protrūkiui tirti, JAMA. 2013 m.; 309(14):1502-1510; Galimas išankstinis embargas žiniasklaidai adresu http://media.jamanetwork.com)
Šaltinis: Hamburgas [UKE]
