EHEC fácilmente asignable
Nueva tecnología de diagnóstico: Genoma del patógeno EHEC reconstruido por primera vez directamente de material paciente
microbiólogo médico en el Hospital Universitario de Hamburgo-Eppendorf (UKE) han reconstruido junto con científicos británicos y empleados de la empresa de biotecnología Illumina, la secuencia completa del genoma del patógeno de la epidemia de EHEC 2011 directamente de las muestras de heces de pacientes infectados. Esta técnica de diagnóstico llamados metagenómica podría representar un cambio de paradigma en el diagnóstico de las enfermedades infecciosas, los científicos concluyen por el Prof. Dr. Martin Aepfelbacher. Esto permite la identificación y la amplia caracterización de agentes infecciosos sin el cultivo requiere generalmente en el laboratorio.Los resultados del estudio publicado el miércoles, 10. De abril, en un número especial de la revista médica prestigiosa JAMA¹.
El brote de EHEC en el comienzo del verano 2011, causada por STEC O104: H4 dicha bacteria del género Escherichia coli, ha demostrado el enorme daño infección epidémica puede hacer en una sociedad moderna, altamente industrializada. En ese momento, más de 3000 personas han sido infectadas, murieron en 50 ellos y probablemente cientos todavía sufren las secuelas. "Durante tal epidemia de hacer frente a los casos individuales de la enfermedad y la propagación del patógeno depende críticamente de la rapidez con que se pueden identificar y caracteriza la cepa del brote", explica el profesor Aepfelbacher, director del Instituto de Microbiología Médica, Virología e Higiene.
Anteriormente patógenos bacterianos antes del análisis detallado necesario para ser el primero cultivaron en el laboratorio y se muestra en su forma más pura. "Algunos tipos de patógenos ya esta cultura es tedioso, si no imposible; en otros casos, la identificación de las cepas del brote de la ausencia de pruebas estándar para bien escribiendo difícil ", dijo el microbiólogo Dr. Martin Christner.
En el estudio actual llamados métodos metagenomic primero fueron utilizados para investigar un brote de un patógeno bacteriano. Se utilizaron las técnicas más modernas de secuenciación y métodos bioinformáticos especialmente desarrolladas. Para las muestras de heces retrospectivos análisis 45 de los pacientes del brote de E. coli fueron recuperados y se secuenció. Las secuencias de ADN obtenidas se examinaron en busca de similitudes y se compararon con las secuencias de muestras de heces de los voluntarios sanos. Prof. Aepfelbacher: "Esto permitió a secuencias específicas de ADN que indican la cepa del brote, se identifican en el complejo Stuhlmetagenomen. En la mayoría de muestras no había múltiples copias de todo el material genético de STEC O104: H4 encontró "Con la ayuda de análisis de ADN también podría en algunas muestras de los pacientes en los que no se encontró STEC O104 H4, otros patógenos diarreicos tales como Clostridium difficile, Campylobacter jejuni. o detectar Salmonella enterica.
"Este logros de la investigación demuestran el gran potencial de la metagenómica como abrir beneficio, método independiente del cultivo para la identificación y caracterización de patógenos bacterianos", explica el profesor Aepfelbacher. Su colega, el Dr. Martin Christner está convencido de que "no sólo aumentar el rápido desarrollo que actualmente se observa de las tecnologías de secuenciación probable es que la velocidad y la sensibilidad de los métodos descritos, sino también el costo es aplicable a reducir de que un uso en la práctica clínica habitual es posible. "
Literatura:
¹Loman y otros, un enfoque independiente del cultivo metagenómica basadas en secuencias a la investigación de un brote de Shiga-Toxigénicas Escherichia coli O104. H4, JAMA. 2013; 309 (14): 1502 1510-; Disponible previa al embargo a los medios en http://media.jamanetwork.com)
Fuente: Hamburgo [UKE]
