EHEC pi fasil pou plase

Nouvo teknik dyagnostik: genomic patojèn EHEC rekonstwi dirèkteman nan materyèl pasyan an pou premye fwa

Mikrobyolojis medikal ki soti nan University Hospital Hamburg-Eppendorf (UKE), ansanm ak syantis Britanik yo ak anplwaye ki soti nan konpayi biotechnologie Illumina, te rekonstwi sekans konplè genomic patojèn ki te lakòz epidemi EHEC nan 2011 dirèkteman nan echantiyon poupou pasyan ki enfekte yo. Syantis yo ki te dirije pa Professeur Dr. Martin Applebacher. Li pèmèt idantifikasyon ak karakterizasyon vaste nan ajan enfektye san yo pa kiltivasyon abityèl la nan laboratwa a.

Rezilta etid yo te parèt nan yon nimewo espesyal nan jounal medikal prestijye JAMA¹ nan Mèkredi 10 avril.

Epidemi EHEC nan kòmansman ete 2011 la, ki te koze pa bakteri genus Escherichia coli ki rele STEC O104:H4, te montre gwo domaj yon epidemi enfektye ka lakòz menm nan yon sosyete modèn ki trè endistriyalize. Nan epòk sa a, plis pase 3000 moun te enfekte, plis pase 50 nan yo te mouri e pwobableman plizyè santèn toujou ap soufri ak konsekans yo jodi a. "Pandan yon epidemi konsa, manyen ka endividyèl maladi a ak plis pwopagasyon patojèn nan depann anpil sou ki jan rapidman ka idantifye ak karakterize souch epidemi an," eksplike Pwofesè Aepfelbacher, Direktè Enstiti pou Mikwobyoloji Medikal, Viroloji. ak Ijyèn.

Précédemment, patojèn bakteri yo te dwe kiltive nan laboratwa a epi prezante nan fòm pi anvan analiz detaye. “Pou kèk kalite patojèn, pwosesis kiltivasyon sa a long oswa menm enposib; Nan lòt ka, idantifikasyon tansyon epidemi an vin pi difisil pa mank de tès estanda pou byen sezisman, "eksplike mikrobyolojis Dr. Martin Christner.

Nan etid aktyèl la, sa yo rele metòd metagenomic yo te itilize pou premye fwa pou mennen ankèt sou yon epidemi ki enplike yon patojèn bakteri. Yo te itilize teknik sekans ki pi modèn ak metòd bioenfòmatik ki devlope espesyalman. Pou analiz retrospektiv la, yo te trete ak sekans 45 echantiyon poupou pasyan ki te nan epidemi EHEC. Sekans ADN yo te jwenn yo te egzamine pou resanblans epi yo te konpare ak sekans ki soti nan echantiyon poupou soti nan volontè ki an sante. Pwofesè Aepfelbacher: "Nan fason sa a, seksyon ADN espesifik ki endike souch epidemi an ta ka idantifye nan metagenom poupou konplèks yo. Nan pifò echantiyon yo, yo te jwenn plizyè kopi tout materyèl jenetik STEC O104:H4." Avèk èd analiz ADN, yo te idantifye lòt patojèn dyare tankou Clostridium difficile ak Campylobacter jejuni nan kèk echantiyon pasyan kote pa gen STEC O104: Yo te jwenn H4 oswa Salmonella enterica ka detekte.

"Siksè rechèch sa yo demontre potansyèl konsiderab metagenomics kòm yon metòd ouvè, endepandan kilti pou idantifye ak karakterize bakteri patojèn enfektye," eksplike Pwofesè Aepfelbacher. Kolèg li Dr. Martin Christner konvenki ke "devlopman rapid nan teknoloji sekans yo obsève kounye a pral gen plis chans pa sèlman ogmante vitès la ak sansiblite nan metòd yo dekri, men tou redwi depans yo nan yon nivo ke itilizasyon yo nan operasyon woutin klinik yo pral posib. ”

literati:

¹Loman et al., Yon Apwòch Metagenomics Ki baze sou Sekans Kilti-Endepandan pou envestigasyon yon epidemi Shiga-Toxigenic Escherichia coli O104:H4, JAMA. 2013; 309(14):1502-1510; Disponib pre-angajman bay medya yo nan http://media.jamanetwork.com)

Sous: Hamburg [UKE]