Mae'n haws aseinio EHEC
Technoleg ddiagnostig newydd: Ailadeiladwyd genom y pathogen EHEC yn uniongyrchol o ddeunydd cleifion am y tro cyntaf
Ail-luniodd microbiolegwyr meddygol o Ganolfan Feddygol y Brifysgol Hamburg-Eppendorf (UKE), ynghyd â gwyddonwyr a gweithwyr Prydeinig y cwmni biotechnoleg Illumina, ddilyniant genom cyflawn y pathogen gan achosi'r epidemig EHEC yn 2011 yn uniongyrchol o samplau carthion gan gleifion heintiedig. Gallai'r dechneg hon, a elwir yn fetagenomeg ddiagnostig, olygu newid paradeim mewn diagnosteg heintiau, gan ddod â'r gwyddonwyr dan arweiniad yr Athro Dr. Martin Aepfelbacher. Mae'n galluogi adnabod a nodweddu helaeth asiantau heintus heb eu tyfu fel arfer yn y labordy.Cyhoeddwyd canlyniadau'r astudiaeth ddydd Mercher Ebrill 10fed mewn rhifyn arbennig o'r cyfnodolyn meddygol enwog JAMA¹.
Dangosodd yr achosion o EHEC ddechrau haf 2011, a achoswyd gan facteriwm y genws Escherichia coli o’r enw STEC O104:H4, y difrod enfawr y gall epidemig haint ei achosi, hyd yn oed mewn cymdeithas fodern, hynod ddiwydiannol. Bryd hynny, roedd mwy na 3000 o bobl wedi’u heintio, bu farw dros 50 ohonyn nhw ac mae’n debyg bod cannoedd yn dal i ddioddef o’r ôl-effeithiau heddiw. “Yn ystod epidemig o’r fath, mae trin achosion unigol o’r clefyd a lledaeniad pellach y pathogen yn dibynnu’n hollbwysig ar ba mor gyflym y gellir nodi a nodweddu straen yr achosion,” eglura’r Athro Aepfelbacher, Cyfarwyddwr y Sefydliad Microbioleg Feddygol, firoleg a Hylendid.
Yn flaenorol, roedd yn rhaid tyfu pathogenau bacteriol yn y labordy a'u cyflwyno mewn ffurf bur cyn dadansoddiad manwl. “Ar gyfer rhai mathau o bathogenau, mae'r broses amaethu hon yn hir neu hyd yn oed yn amhosibl; Mewn achosion eraill, mae'r diffyg profion safonol ar gyfer teipio manwl yn ei gwneud yn anoddach nodi mathau o achosion, ”esboniodd y microbiolegydd Dr. Martin Christner.
Yn yr astudiaeth gyfredol, defnyddiwyd dulliau metagenomig fel y'u gelwir am y tro cyntaf i ymchwilio i achos yn ymwneud â phathogen bacteriol. Defnyddiwyd y technegau dilyniannu mwyaf modern a dulliau biowybodeg a ddatblygwyd yn arbennig. Ar gyfer y dadansoddiad ôl-weithredol, cafodd 45 o samplau carthion gan gleifion yn yr achosion o EHEC eu prosesu a'u dilyniannu. Archwiliwyd y dilyniannau DNA a gafwyd am debygrwydd a'u cymharu â dilyniannau o samplau carthion gan wirfoddolwyr iach. Yr Athro Aepfelbacher: “Yn y modd hwn, gellid nodi adrannau DNA penodol sy'n dynodi straen yr achosion yn y metagenomau stôl cymhleth. Yn y rhan fwyaf o samplau, daethpwyd o hyd i gopïau lluosog o ddeunydd genetig cyfan STEC O104:H4." Gyda chymorth dadansoddiadau DNA, nodwyd pathogenau dolur rhydd eraill fel Clostridium difficile a Campylobacter jejuni hefyd mewn rhai samplau cleifion lle nad oedd unrhyw STEC O104: Darganfuwyd H4 neu gellir canfod Salmonela enterica.
“Mae'r llwyddiannau ymchwil hyn yn dangos potensial sylweddol metagenomeg fel dull penagored, annibynnol ar ddiwylliant o adnabod a nodweddu pathogenau heintus bacteriol,” eglura'r Athro Aepfelbacher. Mae ei gydweithiwr Dr. Mae Martin Christner yn argyhoeddedig “y bydd datblygiad cyflym y technolegau dilyniannu sy'n cael eu harsylwi ar hyn o bryd nid yn unig yn cynyddu cyflymder a sensitifrwydd y dulliau a ddisgrifir, ond hefyd yn lleihau'r costau i'r fath raddau fel y bydd yn bosibl eu defnyddio mewn llawdriniaethau clinigol arferol. ”
lenyddiaeth:
¹Loman et al., Dull Metagenomeg Seiliedig ar Ddiwylliant-Annibynnol ar gyfer ymchwilio i Achos o Escherichia coli O104:H4, JAMA, a achoswyd gan Shiga-Tocsigenig. 2013; 309(14):1502-1510; Ar gael cyn embargo i'r cyfryngau yn http://media.jamanetwork.com)
Ffynhonnell: Hamburg [UKE]
