EHEC lehtë të tjetërsohet
Teknologji e re diagnostike: Genome e patogjenit EHEC rindërtuar për herë të parë direkt nga materiali pacientit
mikrobiologu mjekësore në Spitalin Universitar Hamburg-Eppendorf (Ukë) kanë rindërtuar së bashku me shkencëtarët britanikë dhe punonjësit e kompanisë bioteknologjisë ILLUMINA, e plotë rend gjenomit të patogjen të epidemisë EHEC të 2011 direkt nga stol mostrat e pacientëve të infektuar. Kjo quajtur metagenomics teknikë diagnostike mund të përfaqësojë një ndryshim paradigmë në diagnozën e sëmundjeve infektive, shkencëtarët arrijnë në përfundimin nga Prof. Dr. Martin Aepfelbacher. Kjo lejon identifikimin dhe karakterizimin të gjerë të agjentëve infektivë pa kultivimin zakonisht kërkohet në laborator.Rezultatet e studimit të botuar të mërkurën, 10. Prill në një numër special të revistës prestigjioze mjekësore JAMA¹.
Përhapja e EHEC në fillim të verës 2011, e shkaktuar nga bakteri i gjinisë Escherichia coli i quajtur STEC O104: H4, tregoi dëmin e madh që mund të shkaktojë një epidemi e infeksionit edhe në një shoqëri moderne, shumë të industrializuar. Në atë kohë, më shumë se 3000 njerëz ishin infektuar, mbi 50 prej tyre vdiqën dhe ndoshta qindra vuajnë ende nga pasojat. "Gjatë një epidemie të tillë, mënyra se si trajtohen rastet individuale të sëmundjes dhe si përhapet patogjeni varet thelbësisht nga sa shpejt mund të identifikohet dhe karakterizohet lloji i shpërthimit", shpjegon Prof. Aepfelbacher, Drejtor i Institutit për Mikrobiologjinë Mjekësore, Virologjinë dhe Higjenën.
Deri tani, patogjenët bakterialë së pari duhej të kultivoheshin në laborator dhe të paraqiteshin në formën e tyre të pastër përpara një analize të hollësishme. “Me disa lloje të patogjenit, kjo kultivim është tashmë e lodhshme ose madje e pamundur; në raste të tjera identifikimi i llojeve të shpërthimit vështirësohet nga mungesa e testeve standarde për shtypjen e imët ”, shpjegon mikrobiologu Dr. Martin Christner.
Në studimin aktual, të ashtuquajturat metoda metagenomike u përdorën për herë të parë për të hetuar një shpërthim me një patogjen bakterial. Janë përdorur teknikat më të fundit të sekuencës dhe metodat bioinformatike të zhvilluara posaçërisht. Për analizën retrospektive, 45 mostra të jashtëqitjeve nga pacientët me shpërthimin EHEC u përpunuan dhe sekuencuan. Sekuencat e ADN-së të marra u ekzaminuan për ngjashmëri dhe u krahasuan me sekuencat nga mostrat e jashtëqitjes nga vullnetarë të shëndetshëm. Prof. Aepfelbacher: “Në këtë mënyrë, ishte e mundur të identifikoheshin segmente specifike të ADN-së që tregojnë përhapjen e llojit në metagenomet komplekse të jashtëqitjes. Në shumicën e mostrave, u gjetën kopje të shumëfishta të të gjithë materialit gjenetik të STEC O104: H4. "Me ndihmën e analizave të ADN-së, patogjenë të tjerë diarre siç janë Clostridium difficile, Campylobacter jejuni u gjetën gjithashtu në disa mostra të pacientëve në të cilat nuk u gjet STEC O104: H4 ose Salmonella enterica mund të zbulohet.
"Këto suksese kërkimore demonstrojnë potencial të konsiderueshëm të metagenomikës si një metodë e hapur, e pavarur nga kultura, për identifikimin dhe karakterizimin e agjentëve infektivë bakterialë," shpjegon Prof. Aepfelbacher. Kolegu i tij Dr. Martin Christner është i bindur se "zhvillimi i shpejtë i mëtejshëm i teknologjive të sekuencave që mund të vërehen në këtë moment ka shumë të ngjarë jo vetëm për të rritur shpejtësinë dhe ndjeshmërinë e metodave të përshkruara, por edhe për të ulur kostot në masën që ato mund të përdoren në operacionet rutinë klinike".
literatura:
OmanLoman et al., Një Metodë e Metodologjisë së Bazuar në Sekuenca të Kulturës për hetimin e një shpërthimi të Escherichia coli Shiga-Toxigenic Oli: 104, H4, JAMA. 2013; 309 (14): 1502-1510; Para-embargo e disponueshme për mediat në http://media.jamanetwork.com)
Burimi: Hamburg [UKE]
