EHEC errazagoa esleitzeko
Diagnostiko-teknika berria: EHEC patogenoaren genoma lehen aldiz pazientearen materialetik zuzenean berreraikia
Hamburg-Eppendorf Unibertsitate Ospitaleko (UKE) mikrobiologo medikoek, Britainiar zientzialariekin eta Illumina bioteknologia konpainiako langileekin batera, 2011n EHEC epidemia eragin zuen patogenoaren genoma sekuentzia osoa berreraiki dute zuzenean infektatutako gaixoen gorotz laginetatik. Dr. irakaslea buru duten zientzialariek. Martin Applebacher. Agente infekziosoen identifikazioa eta karakterizazio zabala ahalbidetzen du laborategian ohiko laborantzarik gabe.Ikerketaren emaitzak JAMA¹ mediku aldizkari ospetsuaren ale berezi batean agertu ziren apirilaren 10ean, asteazkenean.
2011ko uda hasieran EHEC agerraldiak, STEC O104:H4 izeneko Escherichia coli generoko bakterioak eragindakoa, infekzio-epidemia batek eragin dezakeen kalte izugarria erakutsi zuen gizarte moderno eta oso industrializatu batean ere. Garai hartan, 3000 pertsona baino gehiago kutsatu ziren, horietatik 50 baino gehiago hil ziren eta, ziurrenik, ehunka oraindik ere ondorioak jasaten ari dira gaur egun. "Halako epidemia batean, gaixotasunaren kasu indibidualen maneiua eta patogenoaren hedapena gehiago zabaltzea agerraldiaren tentsioa identifikatu eta karakterizatu daitekeen azkarren araberakoa da", azaldu du Aepfelbacher irakasleak, Virologiako Mikrobiologia Medikoko Institutuko zuzendariak. eta Higienea.
Aurretik, bakterio-patogenoak laborategian landu behar ziren eta forma hutsean aurkeztu behar ziren azterketa zehatza baino lehen. «Patogeno mota batzuentzat laborantza prozesu hori luzea edo ezinezkoa da; Beste kasu batzuetan, agerraldien tentsioen identifikazioa zailagoa da idazketa finetarako proba estandarrik ez izateak ", azaldu du Dr. Martin Christner.
Oraingo ikerketan, metodo metagenomikoak deiturikoak erabili ziren lehen aldiz bakterio patogeno bat duen agerraldi bat ikertzeko. Sekuentziazio-teknika modernoenak eta bereziki garatutako metodo bioinformatikoak erabili ziren. Atzera begirako analisirako, EHEC agerraldian dauden pazienteen 45 gorotz lagin prozesatu eta sekuentziatu ziren. Lortutako DNA-sekuentziak antzekotasunak ikusteko eta boluntario osasuntsuen gorotz-laginetako sekuentziak alderatu ziren. Aepfelbacher irakaslea: «Horrela, agerraldiaren tentsioa adierazten duten DNA atal espezifikoak identifikatu ahal izango dira gorotz metagenoma konplexuetan. Lagin gehienetan, STEC O104:H4-ren material genetiko osoaren kopia anitz aurkitu ziren." DNA analisien laguntzarekin, beste patogeno beherako batzuk ere identifikatu ziren, hala nola Clostridium difficile eta Campylobacter jejuni, pazienteen lagin batzuetan, zeinetan STEC O104 ez zutenak: H4 aurkitu zen edo Salmonella enterica antzeman daiteke.
"Ikerkuntzaren arrakasta hauek metagenomikaren potentzial handia erakusten dute bakterio patogeno infekziosoak identifikatzeko eta karakterizatzeko metodo ireki eta kulturatik independente gisa", azaldu du Aepfelbacher irakasleak. Bere lankide Dr. Martin Christner konbentzituta dago “gaur egun ikusten ari diren sekuentziazio teknologien garapen azkarrak deskribatutako metodoen abiadura eta sentsibilitatea areagotzeaz gain, kostuak murriztuko dituela ohiko ebakuntza klinikoetan erabiltzea posible izango den neurrian. ”
literatura:
¹Loman et al., Escherichia coli O104:H4 Shiga-Toxigenic O2013:H309-ren agerraldi baten ikerkuntzarako metagenomikaren ikuspegia kultura-independentea. 14; 1502 (1510): XNUMX-XNUMX; Enbargoaren aurreko komunikabideetarako eskuragarri dago helbidean http://media.jamanetwork.com)
Iturria: Hamburg [UKE]
